Sökning: onr:21391514 > LASSIM-A network in...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
LASSIM-A network inference toolbox for genome-wide mechanistic modeling [Elektronisk resurs]
- Magnusson, Rasmus (författare)
- Mariotti, Guido (författare)
- Köpsén, Mattias (författare)
- Lövfors, William (författare)
- Gawel, Danuta (författare)
- Jornsten, Rebecka (författare)
- Linde, Joerg (författare)
- Nordling, Torbjorn (författare)
- Nyman, Elin (författare)
- Schulze, Sylvie (författare)
- Nestor, Colm (författare)
- Zhang, Hanmin (författare)
- Cedersund, Gunnar (författare)
- Benson, Mikael (författare)
- Tjärnberg, Andreas (författare)
- Gustafsson, Mika (författare)
-
- Linköpings universitet Institutionen för fysik, kemi och biologi (utgivare)
-
-
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik
(tidigare namn) -
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik, biologi och kemi
(tidigare namn) - Alternativt namn: IFM
- Alternativt namn: Engelska : Department of Physics and Measurement Technology, Biology and Chemistry
- Alternativt namn: Engelska : Department of Physics, Chemistry and Biology
-
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik
- Linköpings universitet Tekniska fakulteten (utgivare)
-
- Linköpings universitet Institutionen för klinisk och experimentell medicin (utgivare)
-
- Alternativt namn: IKE
- Alternativt namn: Linköping University. Department of Clinical and Experimental Medicine
- Alternativt namn: Linköping University. Faculty of Health Sciences. Department of Clinical and Experimental Medicine
- Linköpings universitet Medicinska fakulteten (utgivare)
-
- Linköpings universitet Institutionen för medicinsk teknik (utgivare)
-
- Alternativt namn: Universitetet i Linköping. Institutionen för medicinsk teknik
- Alternativt namn: Linköpings universitet. Tekniska högskolan. Institutionen för medicinsk teknik
- Alternativt namn: Institutionen för medicinsk teknik, Linköpings universitet
- Alternativt namn: IMT
- Alternativt namn: Engelska: Linköping University. Department of Biomedical Engineering
-
- Linköpings universitet Institutionen för medicinsk teknik (utgivare)
-
- Alternativt namn: Universitetet i Linköping. Institutionen för medicinsk teknik
- Alternativt namn: Linköpings universitet. Tekniska högskolan. Institutionen för medicinsk teknik
- Alternativt namn: Institutionen för medicinsk teknik, Linköpings universitet
- Alternativt namn: IMT
- Alternativt namn: Engelska: Linköping University. Department of Biomedical Engineering
-
- Linköpings universitet Institutionen för klinisk och experimentell medicin (utgivare)
-
- Alternativt namn: IKE
- Alternativt namn: Linköping University. Department of Clinical and Experimental Medicine
- Alternativt namn: Linköping University. Faculty of Health Sciences. Department of Clinical and Experimental Medicine
-
- Linköpings universitet Institutionen för fysik, kemi och biologi (utgivare)
-
-
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik
(tidigare namn) -
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik, biologi och kemi
(tidigare namn) - Alternativt namn: IFM
- Alternativt namn: Engelska : Department of Physics and Measurement Technology, Biology and Chemistry
- Alternativt namn: Engelska : Department of Physics, Chemistry and Biology
-
Alternativt namn: Linköpings universitet. Institutionen för fysik och mätteknik
-
- Linköpings universitet Tekniska högskolan (utgivare)
-
- Alternativt namn: Linköpings universitet. Tekniska fakulteten
- Alternativt namn: Linköpings tekniska högskola
- Alternativt namn: Tekniska högskolan vid Linköpings universtiet
- Alternativt namn: LiTH
- Alternativt namn: Linköping University. Institute of Technology
- Se även: Universitet i Linköping Tekniska högskolan
- Region Östergötland Hjärt- och Medicincentrum (utgivare)
- Ctr Personalised Med (medarbetare)
- Ctr Personalised Med (medarbetare)
- PUBLIC LIBRARY SCIENCE 2017
- Engelska.
- Ingår i: PloS Computational Biology. - 1553-734X. ; 13:6
- E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning
Ämnesord
Inställningar
Hjälp
Stäng
- Recent technological advancements have made time-resolved, quantitative, multi-omics data available for many model systems, which could be integrated for systems pharmacokinetic use. Here, we present large-scale simulation modeling (LASSIM), which is a novel mathematical tool for performing large-scale inference using mechanistically defined ordinary differential equations (ODE) for gene regulatory networks (GRNs). LASSIM integrates structural knowledge about regulatory interactions and non-linear equations with multiple steady state and dynamic response expression datasets. The rationale behind LASSIM is that biological GRNs can be simplified using a limited subset of core genes that are assumed to regulate all other gene transcription events in the network. The LASSIM method is implemented as a general-purpose toolbox using the PyGMO Python package to make the most of multicore computers and high performance clusters, and is available at https://gitlab.com/Gustafsson-lab/lassim. As a method, LASSIM works in two steps, where it first infers a non-linear ODE system of the pre-specified core gene expression. Second, LASSIM in parallel optimizes the parameters that model the regulation of peripheral genes by core system genes. We showed the usefulness of this method by applying LASSIM to infer a large-scale non-linear model of naive Th2 cell differentiation, made possible by integrating Th2 specific bindings, time-series together with six public and six novel siRNA-mediated knock-down experiments. ChIP-seq showed significant overlap for all tested transcription factors. Next, we performed novel time-series measurements of total T-cells during differentiation towards Th2 and verified that our LASSIM model could monitor those data significantly better than comparable models that used the same Th2 bindings. In summary, the LASSIM toolbox opens the door to a new type of model-based data analysis that combines the strengths of reliable mechanistic models with truly systems-level data. We demonstrate the power of this approach by inferring a mechanistically motivated, genome-wide model of the Th2 transcription regulatory system, which plays an important role in several immune related diseases.
Ämnesord
- Natural Sciences (hsv)
- Biological Sciences (hsv)
- Bioinformatics and Systems Biology (hsv)
- Naturvetenskap (hsv)
- Biologiska vetenskaper (hsv)
- Bioinformatik och systembiologi (hsv)
Beståndsinformation saknas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Sök vidare
Hjälp
- Fler titlar av
- Magnusson, Rasmus
- Mariotti, Guido
- Köpsén, Mattias
- Lövfors, William
- Gawel, Danuta
- Jornsten, Rebecka
- visa fler...
- Linde, Joerg
- Nordling, Torbjorn
- Nyman, Elin
- Schulze, Sylvie
- Nestor, Colm
- Zhang, Hanmin
- Cedersund, Gunnar
- Benson, Mikael
- Tjärnberg, Andreas
- Gustafsson, Mika
- Linköpings universit ...
- Linköpings universit ...
- Linköpings universit ...
- Linköpings universit ...
- Linköpings universit ...
- Linköpings universit ...
- Region Östergötland ...
- Ctr Personalised Med
- visa färre...
- Fler titlar om
- Natural Sciences
- Biological Sciences
- Bioinformatics and S ...
- Naturvetenskap
- Biologiska vetenskap ...
- Bioinformatik och sy ...
- Värdpublikation
- PloS Computational B ...
- Fler artiklar
Sök utanför LIBRIS
Hjälp
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
- LibraryThing
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
