Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics [Elektronisk resurs]
-
Feng, Shaohong (författare)
-
Stiller, Josefin (författare)
-
Deng, Yuan (författare)
-
Armstrong, Joel (författare)
-
Fang, Qi (författare)
-
Reeve, Andrew Hart (författare)
-
Xie, Duo (författare)
-
Chen, Guangji (författare)
-
Guo, Chunxue (författare)
-
Faircloth, Brant C. (författare)
-
Petersen, Bent (författare)
-
Wang, Zongji (författare)
-
Zhou, Qi (författare)
-
Diekhans, Mark (författare)
-
Chen, Wanjun (författare)
-
Andreu-Sanchez, Sergio (författare)
-
Margaryan, Ashot (författare)
-
Howard, Jason Travis (författare)
-
Parent, Carole (författare)
-
Pacheco, George (författare)
-
Sinding, Mikkel-Holger S. (författare)
-
Puetz, Lara (författare)
-
Cavill, Emily (författare)
-
Ribeiro, Angela M. (författare)
-
Eckhart, Leopold (författare)
-
Fjeldsa, Jon (författare)
-
Hosner, Peter A. (författare)
-
Brumfield, Robb T. (författare)
-
Christidis, Les (författare)
-
Bertelsen, Mads F. (författare)
-
Sicheritz-Ponten, Thomas (författare)
-
Tietze, Dieter Thomas (författare)
-
Robertson, Bruce C. (författare)
-
Song, Gang (författare)
-
Borgia, Gerald (författare)
-
Claramunt, Santiago (författare)
-
Lovette, Irby J. (författare)
-
Cowen, Saul J. (författare)
-
Njoroge, Peter (författare)
-
Dumbacher, John Philip (författare)
-
Ryder, Oliver A. (författare)
-
Fuchs, Jerome (författare)
-
Bunce, Michael (författare)
-
Burt, David W. (författare)
-
Cracraft, Joel (författare)
-
Meng, Guanliang (författare)
-
Hackett, Shannon J. (författare)
-
Ryan, Peter G. (författare)
-
Jonsson, Knud Andreas (författare)
-
Jamieson, Ian G. (författare)
-
da Fonseca, Rute R. (författare)
-
Braun, Edward L. (författare)
-
Houde, Peter (författare)
-
Mirarab, Siavash (författare)
-
Suh, Alexander (författare)
-
Hansson, Bengt (författare)
-
Ponnikas, Suvi (författare)
-
Sigeman, Hanna (författare)
-
Stervander, Martin (författare)
-
Frandsen, Paul B. (författare)
-
van der Zwan, Henriette (författare)
-
van der Sluis, Rencia (författare)
-
Visser, Carina (författare)
-
Balakrishnan, Christopher N. (författare)
-
Clark, Andrew G. (författare)
-
Fitzpatrick, John W. (författare)
-
Bowman, Reed (författare)
-
Chen, Nancy (författare)
-
Cloutier, Alison (författare)
-
Sackton, Timothy B. (författare)
-
Edwards, Scott V. (författare)
-
Foote, Dustin J. (författare)
-
Shakya, Subir B. (författare)
-
Sheldon, Frederick H. (författare)
-
Vignal, Alain (författare)
-
Soares, Andre E. R. (författare)
-
Shapiro, Beth (författare)
-
Gonzalez-Solis, Jacob (författare)
-
Ferrer-Obiol, Joan (författare)
-
Rozas, Julio (författare)
-
Riutort, Marta (författare)
-
Tigano, Anna (författare)
-
Friesen, Vicki (författare)
-
Dalen, Love (författare)
-
Urrutia, Araxi O. (författare)
-
Szekely, Tamas (författare)
-
Liu, Yang (författare)
-
Campana, Michael G. (författare)
-
Corvelo, Andre (författare)
-
Fleischer, Robert C. (författare)
-
Rutherford, Kim M. (författare)
-
Gemmell, Neil J. (författare)
-
Dussex, Nicolas (författare)
-
Mouritsen, Henrik (författare)
-
Thiele, Nadine (författare)
-
Delmore, Kira (författare)
-
Liedvogel, Miriam (författare)
-
Franke, Andre (författare)
-
Hoeppner, Marc P. (författare)
-
Krone, Oliver (författare)
-
Fudickar, Adam M. (författare)
-
Mila, Borja (författare)
-
Ketterson, Ellen D. (författare)
-
Fidler, Andrew Eric (författare)
-
Friis, Guillermo (författare)
-
Parody-Merino, Angela M. (författare)
-
Battley, Phil F. (författare)
-
Cox, Murray P. (författare)
-
Lima, Nicholas Costa Barroso (författare)
-
Prosdocimi, Francisco (författare)
-
Parchman, Thomas Lee (författare)
-
Schlinger, Barney A. (författare)
-
Loiselle, Bette A. (författare)
-
Blake, John G. (författare)
-
Lim, Haw Chuan (författare)
-
Day, Lainy B. (författare)
-
Fuxjager, Matthew J. (författare)
-
Baldwin, Maude W. (författare)
-
Braun, Michael J. (författare)
-
Wirthlin, Morgan (författare)
-
Dikow, Rebecca B. (författare)
-
Ryder, T. Brandt (författare)
-
Camenisch, Glauco (författare)
-
Keller, Lukas F. (författare)
-
DaCosta, Jeffrey M. (författare)
-
Hauber, Mark E. (författare)
-
Louder, Matthew I. M. (författare)
-
Witt, Christopher C. (författare)
-
McGuire, Jimmy A. (författare)
-
Mudge, Joann (författare)
-
Megna, Libby C. (författare)
-
Carling, Matthew D. (författare)
-
Wang, Biao (författare)
-
Taylor, Scott A. (författare)
-
Del-Rio, Glaucia (författare)
-
Aleixo, Alexandre (författare)
-
Vasconcelos, Ana Tereza Ribeiro (författare)
-
Mello, Claudio V. (författare)
-
Weir, Jason T. (författare)
-
Haussler, David (författare)
-
Li, Qiye (författare)
-
Yang, Huanming (författare)
-
Wang, Jian (författare)
-
Lei, Fumin (författare)
-
Rahbek, Carsten (författare)
-
Gilbert, M. Thomas P. (författare)
-
Graves, Gary R. (författare)
-
Jarvis, Erich D. (författare)
-
Paten, Benedict (författare)
-
Zhang, Guojie (författare)
-
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet (utgivare)
-
Uppsala universitet Science for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)
-
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet (utgivare)
- Publicerad: NATURE RESEARCH, 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Nature. - 0028-0836. ; 587:7833, 252-257
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
Sammanfattning
Ämnesord
Stäng
- Whole-genome sequencing projects are increasingly populating the tree of life and characterizing biodiversity(1-4). Sparse taxon sampling has previously been proposed to confound phylogenetic inference(5), and captures only a fraction of the genomic diversity. Here we report a substantial step towards the dense representation of avian phylogenetic and molecular diversity, by analysing 363 genomes from 92.4% of bird families-including 267 newly sequenced genomes produced for phase II of the Bird 10,000 Genomes (B10K) Project. We use this comparative genome dataset in combination with a pipeline that leverages a reference-free whole-genome alignment to identify orthologous regions in greater numbers than has previously been possible and to recognize genomic novelties in particular bird lineages. The densely sampled alignment provides a single-base-pair map of selection, has more than doubled the fraction of bases that are confidently predicted to be under conservation and reveals extensive patterns of weak selection in predominantly non-coding DNA. Our results demonstrate that increasing the diversity of genomes used in comparative studies can reveal more shared and lineage-specific variation, and improve the investigation of genomic characteristics. We anticipate that this genomic resource will offer new perspectives on evolutionary processes in cross-species comparative analyses and assist in efforts to conserve species. A dataset of the genomes of 363 species from the Bird 10,000 Genomes Project shows increased power to detect shared and lineage-specific variation, demonstrating the importance of phylogenetically diverse taxon sampling in whole-genome sequencing.
Ämnesord
- Natural Sciences (hsv)
- Biological Sciences (hsv)
- Evolutionary Biology (hsv)
- Naturvetenskap (hsv)
- Biologiska vetenskaper (hsv)
- Evolutionsbiologi (hsv)
- Natural Sciences (hsv)
- Biological Sciences (hsv)
- Genetics (hsv)
- Naturvetenskap (hsv)
- Biologiska vetenskaper (hsv)
- Genetik (hsv)
Genre
- government publication (marcgt)
Inställningar
Hjälp
Ingår i annan publikation. Gå till titeln
Nature